В Крымскую войну Балаклава была оккупирована английской армией. После проигранного русской армией сражения на Альме часть британских войск, не встречая сопротивления на своем пути, направилась к Балаклаве. В ночь с 13 (25) на 14 (26) сентября 1854 года авангард британской армии вошёл в город и неожиданно для них был обстрелян огнем из генуэзской крепости, где засел полковник Манто.

После шестичасовой перестрелки защитники крепости были взяты в плен. Часть Греческого батальона прорвалась в горы и затем соединилась с русской армией в Ялте.

2 (14) ноября в долине к северу от Балаклавы произошло так называемое Балаклавское сражение: русская армия стремилась захватить английский лагерь и тем самым прекратить снабжение англичан. Место битвы впоследствии получило название Долина Смерти, в 1856 году англичанами там был установлен памятный знак и находится английское кладбище, которое в 1945 году после Ялтинской конференции посещал Уинстон Черчилль.

До окончания войны в Балаклаве базировались английская армия и флот. Англичане соорудили деревянную набережную (сейчас на этом месте находится набережная Назукина), также был проведен водопровод, военно полевая кухня и построены шоссейные дороги. В деревне Кадыковка (сейчас является частью города) находились магазины, гостиницы и увеселительные заведения. Кроме того, в феврале—марте 1854 года англичанами была построена первая в Крыму Балаклавская железная дорога длиной 12,8 км, она соединяля Балаклавскую бухту и военное депо в районе Сапун-горы. После войны железная дорога была разобрана и продана туркам.

2 (14) ноября 1854 года во время сильного шторма 11 судов английского флота, стоявших на рейде у входа в Балаклавскую бухту, были выброшены на прибрежные скалы. Среди затонувших кораблей был легендарный трехмачтовый пароход «Принц», который, выполняя свой первый рейс, привез зимнюю одежду, припасы и секретное оружие для взрыва затопленных русских судов, преграждавших вход в Севастопольскую бухту. Из 150 членов экипажа спаслось только семеро. По легенде «Принц» должен был доставить большое количество золота для жалования британским солдатам.

Крымский курорт

В мае-июне 1856 года союзники покинули город, и вскоре опустошенная Балаклава вместе с Кадыковкой была переведена в разряд заштатного (безуездного) города Ялтинского уезда Таврической губернии. Возрождение Балаклавы произошло в конце XIX века и связано с развитием города как курорта. В 1860-х годах императорская семья приобрела Ливадию, а уже в 1870-х годах Южное побережье Крыма становиться модным местом отдыха аристократии.

Первым человеком, оценившим потенциал Балаклавы как курорта, был К.А. Скирмунт: в 1870-х годах поселившись в городе, он открыл в своем доме пансионат; кроме того, семья Скирмунтов приобрела участки в Балаклавской долине и начала разводить там венгерские и рейнские сорта винограда. В 1888 году К.А. Скирмунт открыл на набережной грязелечебницу.

В 1887 году на Новой набережной (сейчас набережная Назукина), в доме №3, была открыта первая в городе гостиница — «Гранд-отель». Затем появилась гостиница «Россия» (Новая набережная, 21), владельцем которой был градоначальник Спиридон Гинали. Семье Гинали также принадлежали купальни, к которым в 1904 году было пристроено здание на 12 номеров для принятия морских ванн.

В 1903-1905 годах на западном берегу бухты, почти у самого входа в гавань, по проекту академика Н.П. Краснова, архитектора Ливадийского дворца, была построена дача графа Николая Апраксина в популярном тогда неогреческом стиле. Здание было врезано в скалу, дачу окружали террасные сады, на набережной был небольшой причал. До Второй мировой войны на вилле находился штаб артдивизиона. Покидая Балаклаву, немецкие войска взорвали дачу Апраксина — сохранились фундамент, подпорная стена и остатки сада.

В начале 1900-х годов там же, на западном берегу, был построен так называемый «охотничий домик» Юсуповых; вероятно, архитектором этой дачи являлся также Н.П. Краснов. В этом доме никогда не жил никто из Юсуповых. В настоящее время дача находится в частной собственности, что, однако, не сказывается на её виде.

В то же время, в первое десятилетие XX века, на Новой набереженой были построены дача актрисы Соколовой, где осенью 1907 года жила Леся Украинка, а также дача Мерецкой — сейчас Библиотека имени А.И. Куприна.

Кроме того, активно застраивалась территория между старой частью города и Кадыковкой: в так называемом «Новом городе» было возведено большое количество дач. Всего в Балаклаве 1900 по 1910 год было построено более 100 дач. Согласно данным 1904 года, в городе проживало 2240 человек: из них 76,2% — греки, 17,4% — русские, 4% — евреи, 1,1% — немцы, 0,7% — татары и 0,2% — поляки. А в 1911 году у Балаклаве (вместе с Кадыковкой) проживало 2895 человек, существовало 4 церкви, одноклассное земское училище (в здании городской управы), церковноприходская школа в Кадыковке и частное училище Л.В. Синельниковой.